Sejak tahun 2009 Sekala mendukung Pemerintah Daerah Provinsi Bali mewujudkan situs Warisan Budaya Dunia (WBD). Kegiatan ini meliputi empat lokasi penting di Bali antara lain: (1) Bentang alam mulai dari Danau Tamblingan, Danau Buyan, Gunung Batukaru, dan Subak Jatiluwih; (2) Pura Ulun Danau Batur; (3) Subak Pakerisan, dan (4) Pura Taman Ayun. Sekala menyediakan peta dasar dan kajian spasial mengenai bentang alam hubungan dengan budaya, keanekaragaman hayati, ancaman perlindungan laut, dan kerentanan kritis. Kegiatan ini mendapat dukungan dari UNESCO dan berbagai organisasi nasional dan international. Pada tahun 2011, Kementerian Kebudayaan dan Pariwisata Pemerintah Republik Indonesia dan UNESCO menetapkan keempat lokasi di atas sebagai Situs Warisan Budaya Dunia.

Sekala mendukung LSM di Bali memfasilitasi kegiatan pemetaan partisipatif wilayah desa adat di Bali. Sejak tahun 2010 sampai sekarang, Sekala kerjasama dengan JANMA dan Yayasan Aqua Lestari memfasilitasi pemetaan partisipatif di Desa Pelaga dan Belok Sidan, Kabupaten Badung. Kegiatan ini bertujuan untuk mengidentifikasi pemanfaatan lahan oleh masyarakat, meningkatkan sistem pengelolaan lahan, melestarikan lingkungan, merencanakan dan memperbaiki sistem sanitasi lingkungan, mencegah tercemarnya mata air dari kotoran ternak maupun jamban penduduk. Kegiatan ini bermanfaat untuk meningkatkan pendapatan ekonomi masyarakat, mencegah erosi, dan melestarikan sumber air bersih.