Konflik pemanfaatan dan pengelolaan sumber daya alam yang umum di Indonesia adalah sebagai akibat tumpang-tindih batas konsesi skala besar tanah-tanah adat. Sekala menggunakan mediasi konflik, pemetaan masyarakat, dan layanan lainnya untuk membantu menyelesaikan masalah ini.

Sekala telah bekerja sama dengan International Finance Corporation (IFC) dan perusahaan hutan tanaman industri (PT MHP) di Sumatera Selatan untuk menganalisis dan membantu menyelesaikan konflik tanah yang timbul dengan masyarakat lokal yang tinggal di kawasan konsesi PT MHP. Kegiatan ini melibatkan pengkajian program pelibatan masyarakat oleh PT MHP dan memberikan beberapa pilihan untuk meningkatkan program tersebut agar mengenai sasaran dalam menurunkan konflik.

Sekala juga melakukan studi tentang penggunaan lahan dan potensi konflik di daerah yang dialokasikan untuk pertambangan di Banyuwanyi, Jawa Timur. Penelitian ini memberikan analisis sejarah penggunaan lahan, potensi konflik di daerah dan strategi untuk mengurangi konflik penggunaan lahan.